Outre les deux centres EDF de production d’électricité (CNPE) de Chooz (08) et de Nogent-sur-Seine (10), la région accueille le site de stockage des déchets radioactifs à vie courte en exploitation, situé à Soulaines-Dhuys dans l’Aube et exploité par l'ANDRA depuis 1992. De plus, l'ANDRA exploite un Centre de stockage de déchets très faiblement radioactifs (CSTFA) implanté à Morvilliers dans l'Aube, qui est une installation classée contrôlée au titre de l'inspection des installations classées.

La DSNR de la DRIRE Champagne-Ardenne surveille également la construction du laboratoire de Bure (Meuse) pour le compte de la DRIRE Lorraine. Ce laboratoire est destiné à étudier les possibilités d'enfouissement de déchets radioactifs.